Redning af den genetiske skattekiste fra formalinfikserede hjernesamlinger gennem mikrodråbeteknologi

Forståelsen af hjernesygdomme er revolutioneret gennem de seneste 10 års hæsblæsende udvikling af NGS-teknologier. Men feltet lider under en stor udfordring: frisk hjernevæv er sjældent tilgængeligt, og på grund af kemiske skader opstået under fikseringsforløbet, er DNA/RNA ekstraheret fra formalinfixeret (FF) væv ofte af utilstrækkelig kvalitet til at generere NGS-datasæt, der er tilstrækkeligt fejlfri til at give robuste resultater.

Den danske hjernesamling består af 9.479 hjerner fra danske psykiatriske patienter. Den og de patologiske afdelingers diagnostiske samlinger af arkiveret FF paraffinindstøbt hjernevæv udgør et enormt uudnyttet potentiale til eksplorative studier og hypotesetestning/-generering på humant hjernevæv. Viden om hvad der gør individer med hjernesygdomme særlige er første skridt på vejen mod bedre diagnostik, prognostik og behandling. Derfor er udvikling af metoder der muliggør sekventering på DNA/RNA ekstraheret fra FF hjernevæv vigtigt. Genetiske evolutionsstudier har medført udvikling af særlige protokoller til nedbrudt DNA/RNA. Mikrodråbeteknologi gør det muligt at udføre biokemi i små skalaer, hvorved reaktionseffektiviteten øges, idet reagenser og analytter tvinges nær hinanden.

I dette projekt vil jeg sammenligne NGS-data fra hjernesamlingen, baseret på protokoller der er optimeret til fossilt og andet nedbrudt DNA/RNA - med og uden implementering af mikrodråbeteknologi under NGS-biblioteksdannelsen. Hypotesen er at dette giver en øget sekventeringsdybde uden øget prøvemængde, hvorved vi får mere ud af det DNA vi har. Et positivt fund har betydning for genetisk forskning i alle sygdomme repræsenteret i hjernesamlinger.